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通过自然语言完成GROMACS分子动力学模拟配置、运行分析与VMD三维可视化。
复制安装指令，让 AI 自动完成配置 · 推荐新手
"MCP-GMX-VMD" 暂无可直接复制的安装信息，请查看页面文档或源码仓库。
请为一个蛋白质-配体复合物建立 GROMACS 分子动力学模拟流程，包括体系准备、溶剂化、加离子、能量最小化、平衡和 100 ns 生产模拟，并说明每一步输出文件。
返回结构化模拟流程、关键命令说明、阶段性输出文件清单及执行顺序。
请分析这次 GROMACS 模拟的轨迹，重点关注 RMSD、RMSF、氢键变化和构象稳定性，并给出适合在 VMD 中展示的三维可视化方案。
输出关键分析指标解读、稳定性结论，以及在 VMD 中展示结构变化的可视化建议。
帮我从已有拓扑和初始结构开始运行一次分子动力学任务，完成后自动整理分析结果，并生成适合在 VMD 中检查配体结合位点变化的可视化步骤。
给出可执行的任务步骤、分析结果整理方案，以及面向结合位点检查的 VMD 操作指引。
通过统一接口接入多个科学计算 MCP 服务，简化工具调用与集成。
以无界面 PyMOL 可视化分子体系并分析分子动力学轨迹与水合物笼结构
连接 ChimeraX 执行分子可视化、结构分析、截图与会话管理
用自然语言操控 ChimeraX，完成蛋白结构可视化、编辑与分析任务。
帮助用户分析硬件仿真 VCD 波形与 GTKWave 文件，快速查看信号、总线和分组信息
通过 MCP 自动化 COMSOL 多物理场仿真建模、求解与结果可视化。