cmxflow

请用 cmxflow 为一批候选化合物设计一个标准化预处理流程，包括结构清洗、去重、格式转换和基础性质检查，并说明每一步的输入输出。

输出一个可执行的化合物库预处理流程方案，列出关键步骤、参数建议和每步产物。

请用 cmxflow 规划一个分子相似性聚类流程，对给定化合物集合进行指纹生成、相似度计算和聚类，并给出如何筛选代表性分子。

输出聚类分析流程、推荐方法与参数，以及代表性分子筛选思路。

请用 cmxflow 搭建一个从配体准备到分子对接和结果汇总的工作流，说明需要的输入文件、主要参数以及最终输出格式。

输出完整的分子对接工作流说明，涵盖输入要求、执行步骤和结果汇总方式。