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通过 MCP 查询和操作 AnnData 对象,辅助单细胞组学数据分析与处理。
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"anndata-mcp-workshop" 暂无可直接复制的安装信息,请查看页面文档或源码仓库。
请连接当前的 AnnData 对象,概览数据集的维度、obs 与 var 字段、细胞数量、基因数量,并用中文总结这个对象包含了什么信息。
返回 AnnData 的结构概览,包括矩阵维度、注释字段和数据内容摘要。
请从 AnnData 对象中筛选出 sample_type 为 tumor 且 n_genes_by_counts 大于 2000 的细胞,统计筛选后细胞数,并生成一个新的子集对象说明。
返回筛选条件、筛选后的细胞数量,以及新子集对象的简要说明。
请提取 AnnData 中指定基因列表(如 CD3D、MS4A1、LYZ)在各细胞群中的平均表达,并整理成表格,便于后续比较分析。
输出指定基因在不同细胞群中的平均表达表,并附简短分析说明。
通过 MCP 工具加载、编辑、搜索并保存 Jupyter 笔记本,便于高效处理代码与分析内容。